疼痛是十二指肠溃疡常见的主要症状，其临床表现有上腹部疼痛，可有钝痛，灼痛，胀痛或剧痛，也可仅有饥饿时隐痛不适。十二指肠溃疡的疼痛性质因病变的轻重和患者耐受程度不同而异。
十二指肠溃疡具有周期性疼痛发作史。
疼痛往往持续数日、数周或数月后缓解，缓解数月或数年后再次发生。并且复发常常发生于秋冬或冬春之交的寒冷季节。目前对于季节对疼痛周期性的影响尚无合理的解释，除了季节因素外，疲劳、情绪紧张、焦虑、饮食不当、吸烟、饮酒、药物等也影响着溃疡的复发。
十二指肠溃疡疼痛与进食有关。
多数十二指肠溃疡患者常常于餐前一个小时（上午11点或下午4点）左右出现疼痛，进餐后疼痛感就会消失。凌晨1-2点是胃酸分泌高峰，所以十二指肠溃疡患者也常发生夜间痛，导致无法入睡或睡着后被疼醒。这时可以选择进食或者服用抑酸药物，疼痛就可缓解。
如果疼痛表现剧烈或者节律性消失，医院做胃镜检查，确定病情，配合医生用一些药物进行治疗。避免出现溃疡出血、穿孔、幽门梗阻等严重后果。
在日常生活中，十二指肠溃疡患者要适当休息，减轻精神压力，同时改善饮食规律，不要太饱或太饿、不要抽烟喝酒、最好不要喝浓茶、浓咖啡等，以减轻对病变的影响，尽量降低症状发生的几率。如其他系统性疾病需要口服非甾体类抗炎药及其他对胃及十二指肠粘膜有损害的药物时，应配合使用药物抑制胃酸分泌，保护胃粘膜。