早期无咽下困难时，应与食管炎、食管憩室和食管静脉曲张相鉴别。已有咽下困难时，应与食管良性肿瘤、贲门失弛症和食管良性狭窄相鉴别。鉴别诊断方法主要依靠吞钡X线食管摄片和纤维食管镜检查。
1、口腔疾病：如各种原因所致的口咽炎或口咽损伤、扁桃体周围脓肿或咽后壁脓肿等也可能会出现吞咽困难。
2、食管内异物：常见异物有骨块、硬币、果核、假牙等，可停留于食管任何部位，而以颈部食管为多。主要症状为不同程度的吞咽困难和吞咽时疼痛，严重者不能进食，轻症者可进半流质，有时可伴呼吸困难，尤以儿童易发生，常有唾液增多。异物在胸部食管时则无此现象，有助于区别异物所在部位。
3、返流性食管炎：吞咽困难在疾病早期系间歇性，可伴有呕吐，晚期则转为持续性并伴有呕吐。进食或体位改变时自觉胃部或胸骨后疼痛和灼热感，亦可伴有嗳酸或呕血。
4、食管贲门失弛缓症：这种疾病引起的吞咽困难多为间歇性发作，如有时单独进餐可无症状，情绪紧张则常加重；有时还因过冷、辛辣等刺激性食物而诱发。若干年后可渐呈持续性。常伴有食物返流或呕吐。
5、弥漫性食管痉挛：老年人多见，病因不明。吞咽困难往往呈短暂的间歇性发作，常伴有胸骨后疼痛，可在餐间、睡眠中突然出现，有时则在行动中遇冷风而诱发。严重者须与心绞痛鉴别。
6、食管憩室：初期可无症状或仅有轻微症状，逐渐出现轻度吞咽困难，想咳嗽或咽喉部有异物感，咽喉部所排出稠厚粘液中可含唾液，后期吞咽困难明显，出现因体位变动而易于下咽现象。有时下咽流质困难，而固体食物则较易。吞咽时可伴胸骨后疼痛和不适，食物返呕，如呕出物含有前餐食物，有的病例能于某种体位使憩室排空，应考虑本病可能。
7、食管良性狭窄：先天性狭窄常位于食管中段，轻者可无症状，重者于出生后数天至数周即有吞咽困难与呕吐。后天性常见于返流性食管炎的后期或因腐蚀剂、炎症或溃疡、外伤、手术或异物等所天致，主要症状为进行性吞咽困难，持续数周或数月，饮食自固体逐渐改为半流质或流质，由于后天性食管狭窄可恶变，应重视与食管癌鉴别。
温馨提醒：疾病的鉴别工作是非常重要的，特别是癌症这样特殊的疾病，一旦误诊的后果是非常严重的。
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